EM Model Challenge - 2019
Login
Results
model coordinates only
fit to EM map
vs reference structure
vs other models
Comparative Analyses
help
Model Ranks (per target)
Models Pair-wise Comparison
Scores Pair-wise Comparison
Group Ranks (across targets)
Target:
--all--
Human Apoferritin: T0101 (emd_20026_1)
Human Apoferritin: T0102 (emd_20027_2)
Human Apoferritin: T0103 (emd_20028_2)
Horse Liver Alcohol Dehydrogenase: T0104 (emd_0406)
Scores:
--all--
Clashscore
Rotamer outliers
Rama outliers
Rama favored
CaBLAM conf. outliers
CaBLAM Ca outliers
PROQ
SMOC
box CC
CC(mask)
CC(peaks)
Resol.(FSC=0.5)
FSCavg
EMringer
Q-score(noH)
AtomIncl.(BB)
GDT_TS(o)
GDC_ALL(o)
LDDT(o)
RMSD(Ca)(o)
QS-score(glob)
HB Prec.6
GDT_TS
GDC_ALL
LDDT
RMSD(Ca)
CAD
DAVIS_QA
Filter by method:
ab-initio
optimized cryoEM model
fully automated
partially automated, with some manual steps
Model:
all
T0103EM010_1
T0103EM025_1
T0103EM028_1
T0103EM035_1
T0103EM038_1
T0103EM041_1
T0103EM041_2
T0103EM054_1
T0103EM054_2
T0103EM060_1
T0103EM060_2
T0103EM073_1
T0103EM082_1
T0103EM082_2
T0103EM090_1
T0103EM3ajo
Reference-free Scores
worse
64
32
16
8
4
2
better
Clashscore
4.72:T0103EM010_1
0.36:T0103EM025_1
4.95:T0103EM028_1
2.53:T0103EM035_1
0.36:T0103EM025_1,T0103EM038_1
11.28:T0103EM041_1
61.66:T0103EM041_2
4.70:T0103EM054_1
0.72:T0103EM054_2
35.74:T0103EM060_1
33.94:T0103EM060_2
0.00:T0103EM073_1
1.09:T0103EM082_1
0.73:T0103EM082_2
28.55:T0103EM090_1
1.37:T0103EM3ajo
64
32
16
8
4
2
1
0
Rotamer outliers
0.00:T0103EM010_1
1.31:T0103EM025_1
0.64:T0103EM028_1
0.00:T0103EM010_1,T0103EM035_1
4.58:T0103EM038_1
16.45:T0103EM041_1
17.76:T0103EM041_2
0.00:T0103EM010_1,T0103EM035_1,T0103EM054_1
0.00:T0103EM010_1,T0103EM035_1,T0103EM054_1,T0103EM054_2
0.00:T0103EM010_1,T0103EM035_1,T0103EM054_1,T0103EM054_2,T0103EM060_1
0.00:T0103EM010_1,T0103EM035_1,T0103EM054_1,T0103EM054_2,T0103EM060_1,T0103EM060_2
1.85:T0103EM073_1
0.00:T0103EM010_1,T0103EM035_1,T0103EM054_1,T0103EM054_2,T0103EM060_1,T0103EM060_2,T0103EM082_1
0.00:T0103EM010_1,T0103EM035_1,T0103EM054_1,T0103EM054_2,T0103EM060_1,T0103EM060_2,T0103EM082_1,T0103EM082_2
7.19:T0103EM090_1
0.61:T0103EM3ajo
64
32
16
8
4
2
1
0
Rama outliers
0.00:T0103EM010_1
0.00:T0103EM010_1,T0103EM025_1
0.00:T0103EM010_1,T0103EM025_1,T0103EM028_1
0.00:T0103EM010_1,T0103EM025_1,T0103EM028_1,T0103EM035_1
0.59:T0103EM038_1
0.60:T0103EM041_1
13.10:T0103EM041_2
1.18:T0103EM054_1
0.00:T0103EM010_1,T0103EM025_1,T0103EM028_1,T0103EM035_1,T0103EM054_2
2.35:T0103EM060_1
1.18:T0103EM054_1,T0103EM060_2
1.11:T0103EM073_1
0.59:T0103EM038_1,T0103EM082_1
0.59:T0103EM038_1,T0103EM082_1,T0103EM082_2
0.00:T0103EM010_1,T0103EM025_1,T0103EM028_1,T0103EM035_1,T0103EM054_2,T0103EM090_1
0.00:T0103EM010_1,T0103EM025_1,T0103EM028_1,T0103EM035_1,T0103EM054_2,T0103EM090_1,T0103EM3ajo
75
80
85
90
95
100
Rama favored
94.08:T0103EM010_1
95.88:T0103EM025_1
97.14:T0103EM028_1
96.47:T0103EM035_1
98.82:T0103EM038_1
91.67:T0103EM041_1
60.12:T0103EM041_2
90.59:T0103EM054_1
98.24:T0103EM054_2
94.71:T0103EM060_1
94.71:T0103EM060_1,T0103EM060_2
95.56:T0103EM073_1
98.22:T0103EM082_1
98.22:T0103EM082_1,T0103EM082_2
100.00:T0103EM090_1
98.24:T0103EM054_2,T0103EM3ajo
64
32
16
8
4
2
1
0
CaBLAM conf. outliers
1.20:T0103EM010_1
0.60:T0103EM025_1
0.00:T0103EM028_1
0.60:T0103EM025_1,T0103EM035_1
1.20:T0103EM010_1,T0103EM038_1
2.40:T0103EM041_1
5.40:T0103EM041_2
10.70:T0103EM054_1
1.80:T0103EM054_2
4.80:T0103EM060_1
3.60:T0103EM060_2
1.10:T0103EM073_1
0.00:T0103EM028_1,T0103EM082_1
0.00:T0103EM028_1,T0103EM082_1,T0103EM082_2
0.60:T0103EM025_1,T0103EM035_1,T0103EM090_1
0.60:T0103EM025_1,T0103EM035_1,T0103EM090_1,T0103EM3ajo
64
32
16
8
4
2
1
0
CaBLAM Ca outliers
0.00:T0103EM010_1
0.00:T0103EM010_1,T0103EM025_1
0.00:T0103EM010_1,T0103EM025_1,T0103EM028_1
0.00:T0103EM010_1,T0103EM025_1,T0103EM028_1,T0103EM035_1
0.00:T0103EM010_1,T0103EM025_1,T0103EM028_1,T0103EM035_1,T0103EM038_1
0.60:T0103EM041_1
0.00:T0103EM010_1,T0103EM025_1,T0103EM028_1,T0103EM035_1,T0103EM038_1,T0103EM041_2
1.79:T0103EM054_1
0.00:T0103EM010_1,T0103EM025_1,T0103EM028_1,T0103EM035_1,T0103EM038_1,T0103EM041_2,T0103EM054_2
0.60:T0103EM041_1,T0103EM060_1
1.19:T0103EM060_2
0.00:T0103EM010_1,T0103EM025_1,T0103EM028_1,T0103EM035_1,T0103EM038_1,T0103EM041_2,T0103EM054_2,T0103EM073_1
0.00:T0103EM010_1,T0103EM025_1,T0103EM028_1,T0103EM035_1,T0103EM038_1,T0103EM041_2,T0103EM054_2,T0103EM073_1,T0103EM082_1
0.00:T0103EM010_1,T0103EM025_1,T0103EM028_1,T0103EM035_1,T0103EM038_1,T0103EM041_2,T0103EM054_2,T0103EM073_1,T0103EM082_1,T0103EM082_2
0.00:T0103EM010_1,T0103EM025_1,T0103EM028_1,T0103EM035_1,T0103EM038_1,T0103EM041_2,T0103EM054_2,T0103EM073_1,T0103EM082_1,T0103EM082_2,T0103EM090_1
0.00:T0103EM010_1,T0103EM025_1,T0103EM028_1,T0103EM035_1,T0103EM038_1,T0103EM041_2,T0103EM054_2,T0103EM073_1,T0103EM082_1,T0103EM082_2,T0103EM090_1,T0103EM3ajo
0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1.0
PROQ
0.81:T0103EM010_1
0.83:T0103EM025_1
0.81:T0103EM010_1,T0103EM028_1
0.79:T0103EM035_1
0.00:T0103EM038_1
0.80:T0103EM041_1
0.76:T0103EM041_2
0.65:T0103EM054_1
0.79:T0103EM035_1,T0103EM054_2
0.77:T0103EM060_1
0.79:T0103EM035_1,T0103EM054_2,T0103EM060_2
0.85:T0103EM073_1
0.83:T0103EM025_1,T0103EM082_1
0.86:T0103EM082_2
0.82:T0103EM090_1
vs EM Map Scores
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
SMOC
0.75:T0103EM010_1
0.73:T0103EM025_1
0.73:T0103EM025_1,T0103EM028_1
0.73:T0103EM025_1,T0103EM028_1,T0103EM035_1
0.66:T0103EM038_1
0.74:T0103EM041_1
0.73:T0103EM025_1,T0103EM028_1,T0103EM035_1,T0103EM041_2
0.64:T0103EM054_1
0.68:T0103EM054_2
0.60:T0103EM060_1
0.59:T0103EM060_2
0.70:T0103EM073_1
0.67:T0103EM082_1
0.69:T0103EM082_2
0.75:T0103EM010_1,T0103EM090_1
0.71:T0103EM3ajo
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
box CC
0.76:T0103EM010_1
0.75:T0103EM025_1
0.78:T0103EM028_1
0.68:T0103EM035_1
0.74:T0103EM038_1
0.66:T0103EM041_1
0.70:T0103EM041_2
0.67:T0103EM054_1
0.71:T0103EM054_2
0.60:T0103EM060_1
0.59:T0103EM060_2
0.74:T0103EM038_1,T0103EM073_1
0.73:T0103EM082_1
0.76:T0103EM010_1,T0103EM082_2
0.68:T0103EM035_1,T0103EM090_1
0.76:T0103EM010_1,T0103EM082_2,T0103EM3ajo
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1.0
CC(mask)
0.86:T0103EM010_1
0.78:T0103EM025_1
0.87:T0103EM028_1
0.81:T0103EM035_1
0.84:T0103EM038_1
0.81:T0103EM035_1,T0103EM041_1
0.81:T0103EM035_1,T0103EM041_1,T0103EM041_2
0.74:T0103EM054_1
0.82:T0103EM054_2
0.59:T0103EM060_1
0.57:T0103EM060_2
0.77:T0103EM073_1
0.82:T0103EM054_2,T0103EM082_1
0.84:T0103EM038_1,T0103EM082_2
0.82:T0103EM054_2,T0103EM082_1,T0103EM090_1
0.80:T0103EM3ajo
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
CC(peaks)
0.79:T0103EM010_1
0.77:T0103EM025_1
0.81:T0103EM028_1
0.71:T0103EM035_1
0.76:T0103EM038_1
0.68:T0103EM041_1
0.65:T0103EM041_2
0.69:T0103EM054_1
0.73:T0103EM054_2
0.60:T0103EM060_1
0.59:T0103EM060_2
0.76:T0103EM038_1,T0103EM073_1
0.75:T0103EM082_1
0.79:T0103EM010_1,T0103EM082_2
0.63:T0103EM090_1
0.71:T0103EM035_1,T0103EM3ajo
8
7
6
5
4
3
2
1
0
Resol.(FSC=0.5)
3.12:T0103EM010_1
3.34:T0103EM025_1
3.17:T0103EM028_1
3.26:T0103EM035_1
3.19:T0103EM038_1
3.13:T0103EM041_1
3.19:T0103EM038_1,T0103EM041_2
3.45:T0103EM054_1
3.26:T0103EM035_1,T0103EM054_2
3.83:T0103EM060_1
3.95:T0103EM060_2
3.27:T0103EM073_1
3.27:T0103EM073_1,T0103EM082_1
3.17:T0103EM028_1,T0103EM082_2
3.12:T0103EM010_1,T0103EM090_1
3.25:T0103EM3ajo
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
FSCavg
0.75:T0103EM010_1
0.68:T0103EM025_1
0.71:T0103EM028_1
0.70:T0103EM035_1
0.70:T0103EM035_1,T0103EM038_1
0.73:T0103EM041_1
0.71:T0103EM028_1,T0103EM041_2
0.63:T0103EM054_1
0.71:T0103EM028_1,T0103EM041_2,T0103EM054_2
0.48:T0103EM060_1
0.47:T0103EM060_2
0.68:T0103EM025_1,T0103EM073_1
0.69:T0103EM082_1
0.73:T0103EM041_1,T0103EM082_2
0.74:T0103EM090_1
0.69:T0103EM082_1,T0103EM3ajo
0
1
2
3
4
5
6
7
8
EMringer
4.60:T0103EM010_1
4.44:T0103EM025_1
5.05:T0103EM028_1
4.10:T0103EM035_1
4.60:T0103EM010_1,T0103EM038_1
2.11:T0103EM041_1
3.18:T0103EM041_2
4.31:T0103EM054_1
4.95:T0103EM054_2
2.22:T0103EM060_1
0.68:T0103EM060_2
4.60:T0103EM010_1,T0103EM038_1,T0103EM073_1
3.43:T0103EM082_1
4.71:T0103EM082_2
3.55:T0103EM090_1
3.41:T0103EM3ajo
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
Q-score(noH)
0.63:T0103EM010_1
0.56:T0103EM025_1
0.59:T0103EM028_1
0.58:T0103EM035_1
0.58:T0103EM035_1,T0103EM038_1
0.60:T0103EM041_1
0.59:T0103EM028_1,T0103EM041_2
0.52:T0103EM054_1
0.59:T0103EM028_1,T0103EM041_2,T0103EM054_2
0.39:T0103EM060_1
0.38:T0103EM060_2
0.55:T0103EM073_1
0.57:T0103EM082_1
0.61:T0103EM082_2
0.62:T0103EM090_1
0.55:T0103EM073_1,T0103EM3ajo
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1.0
AtomIncl.(BB)
0.81:T0103EM010_1
0.79:T0103EM025_1
0.77:T0103EM028_1
0.82:T0103EM035_1
0.79:T0103EM025_1,T0103EM038_1
0.78:T0103EM041_1
0.78:T0103EM041_1,T0103EM041_2
0.76:T0103EM054_1
0.79:T0103EM025_1,T0103EM038_1,T0103EM054_2
0.73:T0103EM060_1
0.72:T0103EM060_2
0.76:T0103EM054_1,T0103EM073_1
0.81:T0103EM010_1,T0103EM082_1
0.81:T0103EM010_1,T0103EM082_1,T0103EM082_2
0.85:T0103EM090_1
0.80:T0103EM3ajo
vs Structure Scores (monomers)
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
GDT_TS
98.40:T0103EM010_1
98.98:T0103EM025_1
99.86:T0103EM028_1
99.42:T0103EM035_1
100.00:T0103EM038_1
97.97:T0103EM041_1
98.69:T0103EM041_2
84.45:T0103EM054_1
93.61:T0103EM054_2
95.49:T0103EM060_1
95.78:T0103EM060_2
99.42:T0103EM035_1,T0103EM073_1
99.13:T0103EM082_1
99.13:T0103EM082_1,T0103EM082_2
99.13:T0103EM082_1,T0103EM082_2,T0103EM090_1
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
GDC_ALL
84.28:T0103EM010_1
85.77:T0103EM025_1
86.52:T0103EM028_1
90.56:T0103EM035_1
92.22:T0103EM038_1
82.03:T0103EM041_1
81.68:T0103EM041_2
61.31:T0103EM054_1
81.05:T0103EM054_2
74.13:T0103EM060_1
72.88:T0103EM060_2
86.23:T0103EM073_1
90.53:T0103EM082_1
91.48:T0103EM082_2
84.65:T0103EM090_1
0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1.0
LDDT
0.88:T0103EM010_1
0.87:T0103EM025_1
0.90:T0103EM028_1
0.92:T0103EM035_1
0.94:T0103EM038_1
0.86:T0103EM041_1
0.59:T0103EM041_2
0.69:T0103EM054_1
0.86:T0103EM041_1,T0103EM054_2
0.79:T0103EM060_1
0.78:T0103EM060_2
0.89:T0103EM073_1
0.93:T0103EM082_1
0.94:T0103EM038_1,T0103EM082_2
0.87:T0103EM025_1,T0103EM090_1
7
6
5
4
3
2
1
0
RMSD(Ca)
0.52:T0103EM010_1
0.58:T0103EM025_1
0.46:T0103EM028_1
0.56:T0103EM035_1
0.34:T0103EM038_1
0.57:T0103EM041_1
0.44:T0103EM041_2
2.43:T0103EM054_1
1.69:T0103EM054_2
0.79:T0103EM060_1
0.79:T0103EM060_1,T0103EM060_2
0.43:T0103EM073_1
0.43:T0103EM073_1,T0103EM082_1
0.42:T0103EM082_2
0.55:T0103EM090_1
0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1.0
CAD
0.81:T0103EM010_1
0.85:T0103EM025_1
0.84:T0103EM028_1
0.87:T0103EM035_1
0.89:T0103EM038_1
0.80:T0103EM041_1
0.76:T0103EM041_2
0.65:T0103EM054_1
0.82:T0103EM054_2
0.72:T0103EM060_1
0.72:T0103EM060_1,T0103EM060_2
0.84:T0103EM028_1,T0103EM073_1
0.87:T0103EM035_1,T0103EM082_1
0.88:T0103EM082_2
0.82:T0103EM054_2,T0103EM090_1
0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1.0
DAVIS_QA
0.97:T0103EM010_1
0.97:T0103EM010_1,T0103EM025_1
0.95:T0103EM028_1
0.97:T0103EM010_1,T0103EM025_1,T0103EM035_1
0.97:T0103EM010_1,T0103EM025_1,T0103EM035_1,T0103EM038_1
0.97:T0103EM010_1,T0103EM025_1,T0103EM035_1,T0103EM038_1,T0103EM041_1
0.98:T0103EM041_2
0.84:T0103EM054_1
0.93:T0103EM054_2
0.93:T0103EM054_2,T0103EM060_1
0.93:T0103EM054_2,T0103EM060_1,T0103EM060_2
0.92:T0103EM073_1
0.97:T0103EM010_1,T0103EM025_1,T0103EM035_1,T0103EM038_1,T0103EM041_1,T0103EM082_1
0.97:T0103EM010_1,T0103EM025_1,T0103EM035_1,T0103EM038_1,T0103EM041_1,T0103EM082_1,T0103EM082_2
0.97:T0103EM010_1,T0103EM025_1,T0103EM035_1,T0103EM038_1,T0103EM041_1,T0103EM082_1,T0103EM082_2,T0103EM090_1
EMDataResource
Sponsored by the
US National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)
Please address any questions or queries to:
© 2015-2021