EM Model Challenge - 2019
Login
Results
model coordinates only
fit to EM map
vs reference structure
vs other models
Comparative Analyses
help
Model Ranks (per target)
Models Pair-wise Comparison
Scores Pair-wise Comparison
Group Ranks (across targets)
Target:
--all--
Human Apoferritin: T0101 (emd_20026_1)
Human Apoferritin: T0102 (emd_20027_2)
Human Apoferritin: T0103 (emd_20028_2)
Horse Liver Alcohol Dehydrogenase: T0104 (emd_0406)
Scores:
--all--
Clashscore
Rotamer outliers
Rama outliers
Rama favored
CaBLAM conf. outliers
CaBLAM Ca outliers
PROQ
SMOC
box CC
CC(mask)
CC(peaks)
Resol.(FSC=0.5)
FSCavg
EMringer
Q-score(noH)
AtomIncl.(BB)
GDT_TS(o)
GDC_ALL(o)
LDDT(o)
RMSD(Ca)(o)
QS-score(glob)
HB Prec.6
GDT_TS
GDC_ALL
LDDT
RMSD(Ca)
CAD
DAVIS_QA
Filter by method:
ab-initio
optimized cryoEM model
fully automated
partially automated, with some manual steps
Model:
all
T0101EM010_1
T0101EM025_1
T0101EM028_1
T0101EM035_1
T0101EM038_1
T0101EM041_1
T0101EM041_2
T0101EM054_1
T0101EM054_2
T0101EM060_1
T0101EM060_2
T0101EM060_3
T0101EM073_1
T0101EM082_1
T0101EM082_2
T0101EM091_1
T0101EM3ajo
Reference-free Scores
worse
64
32
16
8
4
2
better
Clashscore
1.09:T0101EM010_1
0.36:T0101EM025_1
1.44:T0101EM028_1
4.33:T0101EM035_1
0.36:T0101EM025_1,T0101EM038_1
4.67:T0101EM041_1
3.24:T0101EM041_2
4.34:T0101EM054_1
0.00:T0101EM054_2
42.28:T0101EM060_1
36.10:T0101EM060_2
41.16:T0101EM060_3
0.00:T0101EM054_2,T0101EM073_1
0.73:T0101EM082_1
0.36:T0101EM025_1,T0101EM038_1,T0101EM082_2
0.34:T0101EM091_1
1.37:T0101EM3ajo
64
32
16
8
4
2
1
0
Rotamer outliers
0.00:T0101EM010_1
1.96:T0101EM025_1
0.00:T0101EM010_1,T0101EM028_1
0.00:T0101EM010_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1
1.31:T0101EM038_1
2.60:T0101EM041_1
3.25:T0101EM041_2
0.00:T0101EM010_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM054_1
0.00:T0101EM010_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM054_1,T0101EM054_2
0.65:T0101EM060_1
0.00:T0101EM010_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM054_1,T0101EM054_2,T0101EM060_2
0.00:T0101EM010_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM054_1,T0101EM054_2,T0101EM060_2,T0101EM060_3
1.31:T0101EM038_1,T0101EM073_1
0.00:T0101EM010_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM054_1,T0101EM054_2,T0101EM060_2,T0101EM060_3,T0101EM082_1
0.00:T0101EM010_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM054_1,T0101EM054_2,T0101EM060_2,T0101EM060_3,T0101EM082_1,T0101EM082_2
0.00:T0101EM010_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM054_1,T0101EM054_2,T0101EM060_2,T0101EM060_3,T0101EM082_1,T0101EM082_2,T0101EM091_1
0.61:T0101EM3ajo
64
32
16
8
4
2
1
0
Rama outliers
0.00:T0101EM010_1
0.00:T0101EM010_1,T0101EM025_1
0.00:T0101EM010_1,T0101EM025_1,T0101EM028_1
0.00:T0101EM010_1,T0101EM025_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1
0.59:T0101EM038_1
0.58:T0101EM041_1
1.17:T0101EM041_2
4.12:T0101EM054_1
0.59:T0101EM038_1,T0101EM054_2
2.94:T0101EM060_1
0.00:T0101EM010_1,T0101EM025_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM060_2
0.00:T0101EM010_1,T0101EM025_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM060_2,T0101EM060_3
0.00:T0101EM010_1,T0101EM025_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM060_2,T0101EM060_3,T0101EM073_1
0.59:T0101EM038_1,T0101EM054_2,T0101EM082_1
0.59:T0101EM038_1,T0101EM054_2,T0101EM082_1,T0101EM082_2
0.00:T0101EM010_1,T0101EM025_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM060_2,T0101EM060_3,T0101EM073_1,T0101EM091_1
0.00:T0101EM010_1,T0101EM025_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM060_2,T0101EM060_3,T0101EM073_1,T0101EM091_1,T0101EM3ajo
75
80
85
90
95
100
Rama favored
98.22:T0101EM010_1
97.06:T0101EM025_1
99.41:T0101EM028_1
98.82:T0101EM035_1
98.82:T0101EM035_1,T0101EM038_1
96.49:T0101EM041_1
97.08:T0101EM041_2
86.47:T0101EM054_1
96.47:T0101EM054_2
92.94:T0101EM060_1
94.71:T0101EM060_2
95.29:T0101EM060_3
99.41:T0101EM028_1,T0101EM073_1
98.82:T0101EM035_1,T0101EM038_1,T0101EM082_1
98.82:T0101EM035_1,T0101EM038_1,T0101EM082_1,T0101EM082_2
98.24:T0101EM091_1
98.24:T0101EM091_1,T0101EM3ajo
64
32
16
8
4
2
1
0
CaBLAM conf. outliers
0.60:T0101EM010_1
1.20:T0101EM025_1
0.60:T0101EM010_1,T0101EM028_1
0.60:T0101EM010_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1
1.20:T0101EM025_1,T0101EM038_1
2.40:T0101EM041_1
1.20:T0101EM025_1,T0101EM038_1,T0101EM041_2
12.50:T0101EM054_1
1.20:T0101EM025_1,T0101EM038_1,T0101EM041_2,T0101EM054_2
7.10:T0101EM060_1
5.40:T0101EM060_2
6.00:T0101EM060_3
1.20:T0101EM025_1,T0101EM038_1,T0101EM041_2,T0101EM054_2,T0101EM073_1
1.80:T0101EM082_1
1.20:T0101EM025_1,T0101EM038_1,T0101EM041_2,T0101EM054_2,T0101EM073_1,T0101EM082_2
0.60:T0101EM010_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM091_1
0.60:T0101EM010_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM091_1,T0101EM3ajo
64
32
16
8
4
2
1
0
CaBLAM Ca outliers
0.00:T0101EM010_1
0.00:T0101EM010_1,T0101EM025_1
0.00:T0101EM010_1,T0101EM025_1,T0101EM028_1
0.00:T0101EM010_1,T0101EM025_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1
0.00:T0101EM010_1,T0101EM025_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM038_1
0.00:T0101EM010_1,T0101EM025_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM038_1,T0101EM041_1
0.00:T0101EM010_1,T0101EM025_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM038_1,T0101EM041_1,T0101EM041_2
2.38:T0101EM054_1
0.00:T0101EM010_1,T0101EM025_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM038_1,T0101EM041_1,T0101EM041_2,T0101EM054_2
0.60:T0101EM060_1
1.79:T0101EM060_2
2.38:T0101EM054_1,T0101EM060_3
0.00:T0101EM010_1,T0101EM025_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM038_1,T0101EM041_1,T0101EM041_2,T0101EM054_2,T0101EM073_1
0.00:T0101EM010_1,T0101EM025_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM038_1,T0101EM041_1,T0101EM041_2,T0101EM054_2,T0101EM073_1,T0101EM082_1
0.00:T0101EM010_1,T0101EM025_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM038_1,T0101EM041_1,T0101EM041_2,T0101EM054_2,T0101EM073_1,T0101EM082_1,T0101EM082_2
0.00:T0101EM010_1,T0101EM025_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM038_1,T0101EM041_1,T0101EM041_2,T0101EM054_2,T0101EM073_1,T0101EM082_1,T0101EM082_2,T0101EM091_1
0.00:T0101EM010_1,T0101EM025_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM038_1,T0101EM041_1,T0101EM041_2,T0101EM054_2,T0101EM073_1,T0101EM082_1,T0101EM082_2,T0101EM091_1,T0101EM3ajo
0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1.0
PROQ
0.82:T0101EM010_1
0.84:T0101EM025_1
0.82:T0101EM010_1,T0101EM028_1
0.83:T0101EM035_1
0.00:T0101EM038_1
0.84:T0101EM025_1,T0101EM041_1
0.85:T0101EM041_2
0.56:T0101EM054_1
0.78:T0101EM054_2
0.76:T0101EM060_1
0.78:T0101EM054_2,T0101EM060_2
0.78:T0101EM054_2,T0101EM060_2,T0101EM060_3
0.83:T0101EM035_1,T0101EM073_1
0.83:T0101EM035_1,T0101EM073_1,T0101EM082_1
0.83:T0101EM035_1,T0101EM073_1,T0101EM082_1,T0101EM082_2
0.84:T0101EM025_1,T0101EM041_1,T0101EM091_1
vs EM Map Scores
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
SMOC
0.63:T0101EM010_1
0.59:T0101EM025_1
0.62:T0101EM028_1
0.61:T0101EM035_1
0.57:T0101EM038_1
0.62:T0101EM028_1,T0101EM041_1
0.62:T0101EM028_1,T0101EM041_1,T0101EM041_2
0.47:T0101EM054_1
0.56:T0101EM054_2
0.48:T0101EM060_1
0.37:T0101EM060_2
0.39:T0101EM060_3
0.61:T0101EM035_1,T0101EM073_1
0.58:T0101EM082_1
0.59:T0101EM025_1,T0101EM082_2
0.62:T0101EM028_1,T0101EM041_1,T0101EM041_2,T0101EM091_1
0.59:T0101EM025_1,T0101EM082_2,T0101EM3ajo
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
box CC
0.73:T0101EM010_1
0.67:T0101EM025_1
0.72:T0101EM028_1
0.54:T0101EM035_1
0.72:T0101EM028_1,T0101EM038_1
0.68:T0101EM041_1
0.68:T0101EM041_1,T0101EM041_2
0.56:T0101EM054_1
0.65:T0101EM054_2
0.52:T0101EM060_1
0.40:T0101EM060_2
0.43:T0101EM060_3
0.71:T0101EM073_1
0.70:T0101EM082_1
0.71:T0101EM073_1,T0101EM082_2
0.73:T0101EM010_1,T0101EM091_1
0.70:T0101EM082_1,T0101EM3ajo
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1.0
CC(mask)
0.84:T0101EM010_1
0.74:T0101EM025_1
0.87:T0101EM028_1
0.72:T0101EM035_1
0.84:T0101EM010_1,T0101EM038_1
0.84:T0101EM010_1,T0101EM038_1,T0101EM041_1
0.84:T0101EM010_1,T0101EM038_1,T0101EM041_1,T0101EM041_2
0.65:T0101EM054_1
0.78:T0101EM054_2
0.57:T0101EM060_1
0.43:T0101EM060_2
0.45:T0101EM060_3
0.79:T0101EM073_1
0.82:T0101EM082_1
0.79:T0101EM073_1,T0101EM082_2
0.81:T0101EM091_1
0.81:T0101EM091_1,T0101EM3ajo
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
CC(peaks)
0.78:T0101EM010_1
0.69:T0101EM025_1
0.76:T0101EM028_1
0.55:T0101EM035_1
0.76:T0101EM028_1,T0101EM038_1
0.71:T0101EM041_1
0.72:T0101EM041_2
0.58:T0101EM054_1
0.68:T0101EM054_2
0.53:T0101EM060_1
0.40:T0101EM060_2
0.42:T0101EM060_3
0.74:T0101EM073_1
0.73:T0101EM082_1
0.74:T0101EM073_1,T0101EM082_2
0.77:T0101EM091_1
0.74:T0101EM073_1,T0101EM082_2,T0101EM3ajo
8
7
6
5
4
3
2
1
0
Resol.(FSC=0.5)
1.98:T0101EM010_1
2.08:T0101EM025_1
1.98:T0101EM010_1,T0101EM028_1
2.04:T0101EM035_1
1.99:T0101EM038_1
1.99:T0101EM038_1,T0101EM041_1
2.00:T0101EM041_2
2.19:T0101EM054_1
2.03:T0101EM054_2
2.24:T0101EM060_1
3.60:T0101EM060_2
3.41:T0101EM060_3
2.02:T0101EM073_1
2.00:T0101EM041_2,T0101EM082_1
2.01:T0101EM082_2
2.00:T0101EM041_2,T0101EM082_1,T0101EM091_1
2.02:T0101EM073_1,T0101EM3ajo
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
FSCavg
0.65:T0101EM010_1
0.56:T0101EM025_1
0.64:T0101EM028_1
0.60:T0101EM035_1
0.62:T0101EM038_1
0.64:T0101EM028_1,T0101EM041_1
0.63:T0101EM041_2
0.48:T0101EM054_1
0.60:T0101EM035_1,T0101EM054_2
0.43:T0101EM060_1
0.29:T0101EM060_2
0.31:T0101EM060_3
0.62:T0101EM038_1,T0101EM073_1
0.61:T0101EM082_1
0.63:T0101EM041_2,T0101EM082_2
0.66:T0101EM091_1
0.60:T0101EM035_1,T0101EM054_2,T0101EM3ajo
0
1
2
3
4
5
6
7
8
EMringer
7.69:T0101EM010_1
7.74:T0101EM025_1
>8.0:T0101EM028_1
7.42:T0101EM035_1
7.71:T0101EM038_1
6.60:T0101EM041_1
6.74:T0101EM041_2
6.45:T0101EM054_1
7.94:T0101EM054_2
3.45:T0101EM060_1
1.48:T0101EM060_2
1.60:T0101EM060_3
>8.0:T0101EM028_1,T0101EM073_1
7.49:T0101EM082_1
7.58:T0101EM082_2
7.15:T0101EM091_1
7.24:T0101EM3ajo
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
Q-score(noH)
0.84:T0101EM010_1
0.76:T0101EM025_1
0.83:T0101EM028_1
0.79:T0101EM035_1
0.80:T0101EM038_1
0.83:T0101EM028_1,T0101EM041_1
0.82:T0101EM041_2
0.64:T0101EM054_1
0.78:T0101EM054_2
0.57:T0101EM060_1
0.43:T0101EM060_2
0.46:T0101EM060_3
0.81:T0101EM073_1
0.80:T0101EM038_1,T0101EM082_1
0.82:T0101EM041_2,T0101EM082_2
0.84:T0101EM010_1,T0101EM091_1
0.77:T0101EM3ajo
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1.0
AtomIncl.(BB)
0.95:T0101EM010_1
0.91:T0101EM025_1
0.95:T0101EM010_1,T0101EM028_1
0.93:T0101EM035_1
0.94:T0101EM038_1
0.93:T0101EM035_1,T0101EM041_1
0.94:T0101EM038_1,T0101EM041_2
0.79:T0101EM054_1
0.91:T0101EM025_1,T0101EM054_2
0.86:T0101EM060_1
0.64:T0101EM060_2
0.65:T0101EM060_3
0.95:T0101EM010_1,T0101EM028_1,T0101EM073_1
0.93:T0101EM035_1,T0101EM041_1,T0101EM082_1
0.95:T0101EM010_1,T0101EM028_1,T0101EM073_1,T0101EM082_2
0.95:T0101EM010_1,T0101EM028_1,T0101EM073_1,T0101EM082_2,T0101EM091_1
0.92:T0101EM3ajo
vs Structure Scores (monomers)
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
GDT_TS
99.42:T0101EM010_1
99.71:T0101EM025_1
100.00:T0101EM028_1
100.00:T0101EM028_1,T0101EM035_1
100.00:T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM038_1
99.86:T0101EM041_1
100.00:T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM038_1,T0101EM041_2
82.41:T0101EM054_1
93.46:T0101EM054_2
98.84:T0101EM060_1
94.33:T0101EM060_2
95.93:T0101EM060_3
100.00:T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM038_1,T0101EM041_2,T0101EM073_1
99.42:T0101EM010_1,T0101EM082_1
99.42:T0101EM010_1,T0101EM082_1,T0101EM082_2
100.00:T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM038_1,T0101EM041_2,T0101EM073_1,T0101EM091_1
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
GDC_ALL
93.96:T0101EM010_1
89.16:T0101EM025_1
94.77:T0101EM028_1
93.83:T0101EM035_1
93.59:T0101EM038_1
94.02:T0101EM041_1
94.31:T0101EM041_2
56.34:T0101EM054_1
73.50:T0101EM054_2
79.04:T0101EM060_1
71.24:T0101EM060_2
73.74:T0101EM060_3
93.83:T0101EM035_1,T0101EM073_1
94.72:T0101EM082_1
94.72:T0101EM082_1,T0101EM082_2
96.21:T0101EM091_1
0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1.0
LDDT
0.95:T0101EM010_1
0.90:T0101EM025_1
0.96:T0101EM028_1
0.95:T0101EM010_1,T0101EM035_1
0.94:T0101EM038_1
0.95:T0101EM010_1,T0101EM035_1,T0101EM041_1
0.95:T0101EM010_1,T0101EM035_1,T0101EM041_1,T0101EM041_2
0.65:T0101EM054_1
0.85:T0101EM054_2
0.80:T0101EM060_1
0.79:T0101EM060_2
0.78:T0101EM060_3
0.94:T0101EM038_1,T0101EM073_1
0.95:T0101EM010_1,T0101EM035_1,T0101EM041_1,T0101EM041_2,T0101EM082_1
0.96:T0101EM028_1,T0101EM082_2
0.98:T0101EM091_1
7
6
5
4
3
2
1
0
RMSD(Ca)
0.27:T0101EM010_1
0.46:T0101EM025_1
0.30:T0101EM028_1
0.27:T0101EM010_1,T0101EM035_1
0.30:T0101EM028_1,T0101EM038_1
0.31:T0101EM041_1
0.28:T0101EM041_2
2.25:T0101EM054_1
1.74:T0101EM054_2
0.51:T0101EM060_1
0.89:T0101EM060_2
0.77:T0101EM060_3
0.30:T0101EM028_1,T0101EM038_1,T0101EM073_1
0.28:T0101EM041_2,T0101EM082_1
0.30:T0101EM028_1,T0101EM038_1,T0101EM073_1,T0101EM082_2
0.28:T0101EM041_2,T0101EM082_1,T0101EM091_1
0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1.0
CAD
0.90:T0101EM010_1
0.87:T0101EM025_1
0.91:T0101EM028_1
0.90:T0101EM010_1,T0101EM035_1
0.90:T0101EM010_1,T0101EM035_1,T0101EM038_1
0.90:T0101EM010_1,T0101EM035_1,T0101EM038_1,T0101EM041_1
0.90:T0101EM010_1,T0101EM035_1,T0101EM038_1,T0101EM041_1,T0101EM041_2
0.63:T0101EM054_1
0.82:T0101EM054_2
0.71:T0101EM060_1
0.72:T0101EM060_2
0.73:T0101EM060_3
0.90:T0101EM010_1,T0101EM035_1,T0101EM038_1,T0101EM041_1,T0101EM041_2,T0101EM073_1
0.90:T0101EM010_1,T0101EM035_1,T0101EM038_1,T0101EM041_1,T0101EM041_2,T0101EM073_1,T0101EM082_1
0.91:T0101EM028_1,T0101EM082_2
0.92:T0101EM091_1
0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1.0
DAVIS_QA
0.98:T0101EM010_1
0.97:T0101EM025_1
0.97:T0101EM025_1,T0101EM028_1
0.97:T0101EM025_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1
0.97:T0101EM025_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM038_1
0.97:T0101EM025_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM038_1,T0101EM041_1
0.97:T0101EM025_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM038_1,T0101EM041_1,T0101EM041_2
0.82:T0101EM054_1
0.92:T0101EM054_2
0.97:T0101EM025_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM038_1,T0101EM041_1,T0101EM041_2,T0101EM060_1
0.91:T0101EM060_2
0.93:T0101EM060_3
0.97:T0101EM025_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM038_1,T0101EM041_1,T0101EM041_2,T0101EM060_1,T0101EM073_1
0.98:T0101EM010_1,T0101EM082_1
0.98:T0101EM010_1,T0101EM082_1,T0101EM082_2
0.97:T0101EM025_1,T0101EM028_1,T0101EM035_1,T0101EM038_1,T0101EM041_1,T0101EM041_2,T0101EM060_1,T0101EM073_1,T0101EM091_1
EMDataResource
Sponsored by the
US National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)
Please address any questions or queries to:
© 2015-2021