EM Model Challenge - 2019
Login
Results
model coordinates only
fit to EM map
vs reference structure
vs other models
Comparative Analyses
help
Model Ranks (per target)
Models Pair-wise Comparison
Scores Pair-wise Comparison
Group Ranks (across targets)
Target:
--all--
Human Apoferritin: T0101 (emd_20026_1)
Human Apoferritin: T0102 (emd_20027_2)
Human Apoferritin: T0103 (emd_20028_2)
Horse Liver Alcohol Dehydrogenase: T0104 (emd_0406)
Scores:
--all--
Clashscore
Rotamer outliers
Rama outliers
Rama favored
CaBLAM conf. outliers
CaBLAM Ca outliers
PROQ
SMOC
box CC
CC(mask)
CC(peaks)
Resol.(FSC=0.5)
FSCavg
EMringer
Q-score(noH)
AtomIncl.(BB)
GDT_TS(o)
GDC_ALL(o)
LDDT(o)
RMSD(Ca)(o)
QS-score(glob)
HB Prec.6
GDT_TS
GDC_ALL
LDDT
RMSD(Ca)
CAD
DAVIS_QA
Filter by method:
ab-initio
optimized cryoEM model
fully automated
partially automated, with some manual steps
Model:
all
T0102EM010_1
T0102EM025_1
T0102EM028_1
T0102EM035_1
T0102EM038_1
T0102EM041_1
T0102EM041_2
T0102EM054_1
T0102EM054_2
T0102EM060_1
T0102EM060_2
T0102EM060_3
T0102EM073_1
T0102EM082_1
T0102EM082_2
T0102EM3ajo
Reference-free Scores
worse
64
32
16
8
4
2
better
Clashscore
2.89:T0102EM010_1
0.36:T0102EM025_1
0.72:T0102EM028_1
6.11:T0102EM035_1
0.36:T0102EM025_1,T0102EM038_1
5.81:T0102EM041_1
14.15:T0102EM041_2
2.89:T0102EM010_1,T0102EM054_1
0.72:T0102EM028_1,T0102EM054_2
34.67:T0102EM060_1
37.56:T0102EM060_2
44.40:T0102EM060_3
0.00:T0102EM073_1
0.73:T0102EM082_1
0.73:T0102EM082_1,T0102EM082_2
1.37:T0102EM3ajo
64
32
16
8
4
2
1
0
Rotamer outliers
0.00:T0102EM010_1
5.23:T0102EM025_1
0.65:T0102EM028_1
0.00:T0102EM010_1,T0102EM035_1
2.61:T0102EM038_1
1.97:T0102EM041_1
4.61:T0102EM041_2
0.00:T0102EM010_1,T0102EM035_1,T0102EM054_1
0.00:T0102EM010_1,T0102EM035_1,T0102EM054_1,T0102EM054_2
1.31:T0102EM060_1
0.00:T0102EM010_1,T0102EM035_1,T0102EM054_1,T0102EM054_2,T0102EM060_2
0.00:T0102EM010_1,T0102EM035_1,T0102EM054_1,T0102EM054_2,T0102EM060_2,T0102EM060_3
1.85:T0102EM073_1
0.00:T0102EM010_1,T0102EM035_1,T0102EM054_1,T0102EM054_2,T0102EM060_2,T0102EM060_3,T0102EM082_1
0.00:T0102EM010_1,T0102EM035_1,T0102EM054_1,T0102EM054_2,T0102EM060_2,T0102EM060_3,T0102EM082_1,T0102EM082_2
0.61:T0102EM3ajo
64
32
16
8
4
2
1
0
Rama outliers
0.00:T0102EM010_1
0.00:T0102EM010_1,T0102EM025_1
0.00:T0102EM010_1,T0102EM025_1,T0102EM028_1
0.00:T0102EM010_1,T0102EM025_1,T0102EM028_1,T0102EM035_1
1.18:T0102EM038_1
1.18:T0102EM038_1,T0102EM041_1
2.37:T0102EM041_2
1.76:T0102EM054_1
0.00:T0102EM010_1,T0102EM025_1,T0102EM028_1,T0102EM035_1,T0102EM054_2
2.94:T0102EM060_1
0.00:T0102EM010_1,T0102EM025_1,T0102EM028_1,T0102EM035_1,T0102EM054_2,T0102EM060_2
0.00:T0102EM010_1,T0102EM025_1,T0102EM028_1,T0102EM035_1,T0102EM054_2,T0102EM060_2,T0102EM060_3
0.56:T0102EM073_1
0.00:T0102EM010_1,T0102EM025_1,T0102EM028_1,T0102EM035_1,T0102EM054_2,T0102EM060_2,T0102EM060_3,T0102EM082_1
0.00:T0102EM010_1,T0102EM025_1,T0102EM028_1,T0102EM035_1,T0102EM054_2,T0102EM060_2,T0102EM060_3,T0102EM082_1,T0102EM082_2
0.00:T0102EM010_1,T0102EM025_1,T0102EM028_1,T0102EM035_1,T0102EM054_2,T0102EM060_2,T0102EM060_3,T0102EM082_1,T0102EM082_2,T0102EM3ajo
75
80
85
90
95
100
Rama favored
98.24:T0102EM010_1
97.06:T0102EM025_1
97.09:T0102EM028_1
97.08:T0102EM035_1
98.24:T0102EM010_1,T0102EM038_1
95.86:T0102EM041_1
95.27:T0102EM041_2
91.76:T0102EM054_1
98.24:T0102EM010_1,T0102EM038_1,T0102EM054_2
92.35:T0102EM060_1
94.71:T0102EM060_2
95.88:T0102EM060_3
95.00:T0102EM073_1
99.41:T0102EM082_1
99.41:T0102EM082_1,T0102EM082_2
98.24:T0102EM010_1,T0102EM038_1,T0102EM054_2,T0102EM3ajo
64
32
16
8
4
2
1
0
CaBLAM conf. outliers
0.60:T0102EM010_1
0.00:T0102EM025_1
0.60:T0102EM010_1,T0102EM028_1
1.20:T0102EM035_1
1.20:T0102EM035_1,T0102EM038_1
2.40:T0102EM041_1
1.80:T0102EM041_2
7.10:T0102EM054_1
1.80:T0102EM041_2,T0102EM054_2
4.20:T0102EM060_1
5.40:T0102EM060_2
5.40:T0102EM060_2,T0102EM060_3
0.60:T0102EM010_1,T0102EM028_1,T0102EM073_1
0.60:T0102EM010_1,T0102EM028_1,T0102EM073_1,T0102EM082_1
0.60:T0102EM010_1,T0102EM028_1,T0102EM073_1,T0102EM082_1,T0102EM082_2
0.60:T0102EM010_1,T0102EM028_1,T0102EM073_1,T0102EM082_1,T0102EM082_2,T0102EM3ajo
64
32
16
8
4
2
1
0
CaBLAM Ca outliers
0.00:T0102EM010_1
0.00:T0102EM010_1,T0102EM025_1
0.00:T0102EM010_1,T0102EM025_1,T0102EM028_1
0.00:T0102EM010_1,T0102EM025_1,T0102EM028_1,T0102EM035_1
0.00:T0102EM010_1,T0102EM025_1,T0102EM028_1,T0102EM035_1,T0102EM038_1
0.00:T0102EM010_1,T0102EM025_1,T0102EM028_1,T0102EM035_1,T0102EM038_1,T0102EM041_1
0.00:T0102EM010_1,T0102EM025_1,T0102EM028_1,T0102EM035_1,T0102EM038_1,T0102EM041_1,T0102EM041_2
0.00:T0102EM010_1,T0102EM025_1,T0102EM028_1,T0102EM035_1,T0102EM038_1,T0102EM041_1,T0102EM041_2,T0102EM054_1
0.00:T0102EM010_1,T0102EM025_1,T0102EM028_1,T0102EM035_1,T0102EM038_1,T0102EM041_1,T0102EM041_2,T0102EM054_1,T0102EM054_2
0.00:T0102EM010_1,T0102EM025_1,T0102EM028_1,T0102EM035_1,T0102EM038_1,T0102EM041_1,T0102EM041_2,T0102EM054_1,T0102EM054_2,T0102EM060_1
2.98:T0102EM060_2
1.79:T0102EM060_3
0.00:T0102EM010_1,T0102EM025_1,T0102EM028_1,T0102EM035_1,T0102EM038_1,T0102EM041_1,T0102EM041_2,T0102EM054_1,T0102EM054_2,T0102EM060_1,T0102EM073_1
0.00:T0102EM010_1,T0102EM025_1,T0102EM028_1,T0102EM035_1,T0102EM038_1,T0102EM041_1,T0102EM041_2,T0102EM054_1,T0102EM054_2,T0102EM060_1,T0102EM073_1,T0102EM082_1
0.00:T0102EM010_1,T0102EM025_1,T0102EM028_1,T0102EM035_1,T0102EM038_1,T0102EM041_1,T0102EM041_2,T0102EM054_1,T0102EM054_2,T0102EM060_1,T0102EM073_1,T0102EM082_1,T0102EM082_2
0.00:T0102EM010_1,T0102EM025_1,T0102EM028_1,T0102EM035_1,T0102EM038_1,T0102EM041_1,T0102EM041_2,T0102EM054_1,T0102EM054_2,T0102EM060_1,T0102EM073_1,T0102EM082_1,T0102EM082_2,T0102EM3ajo
0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1.0
PROQ
0.83:T0102EM010_1
0.83:T0102EM010_1,T0102EM025_1
0.81:T0102EM028_1
0.84:T0102EM035_1
0.00:T0102EM038_1
0.83:T0102EM010_1,T0102EM025_1,T0102EM041_1
0.85:T0102EM041_2
0.56:T0102EM054_1
0.83:T0102EM010_1,T0102EM025_1,T0102EM041_1,T0102EM054_2
0.76:T0102EM060_1
0.79:T0102EM060_2
0.78:T0102EM060_3
0.88:T0102EM073_1
0.85:T0102EM041_2,T0102EM082_1
0.83:T0102EM010_1,T0102EM025_1,T0102EM041_1,T0102EM054_2,T0102EM082_2
vs EM Map Scores
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
SMOC
0.69:T0102EM010_1
0.67:T0102EM025_1
0.70:T0102EM028_1
0.69:T0102EM010_1,T0102EM035_1
0.65:T0102EM038_1
0.69:T0102EM010_1,T0102EM035_1,T0102EM041_1
0.69:T0102EM010_1,T0102EM035_1,T0102EM041_1,T0102EM041_2
0.59:T0102EM054_1
0.65:T0102EM038_1,T0102EM054_2
0.58:T0102EM060_1
0.49:T0102EM060_2
0.49:T0102EM060_2,T0102EM060_3
0.66:T0102EM073_1
0.67:T0102EM025_1,T0102EM082_1
0.67:T0102EM025_1,T0102EM082_1,T0102EM082_2
0.67:T0102EM025_1,T0102EM082_1,T0102EM082_2,T0102EM3ajo
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
box CC
0.79:T0102EM010_1
0.75:T0102EM025_1
0.82:T0102EM028_1
0.64:T0102EM035_1
0.78:T0102EM038_1
0.79:T0102EM010_1,T0102EM041_1
0.79:T0102EM010_1,T0102EM041_1,T0102EM041_2
0.69:T0102EM054_1
0.76:T0102EM054_2
0.65:T0102EM060_1
0.52:T0102EM060_2
0.53:T0102EM060_3
0.77:T0102EM073_1
0.78:T0102EM038_1,T0102EM082_1
0.81:T0102EM082_2
0.80:T0102EM3ajo
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1.0
CC(mask)
0.87:T0102EM010_1
0.78:T0102EM025_1
0.93:T0102EM028_1
0.80:T0102EM035_1
0.87:T0102EM010_1,T0102EM038_1
0.89:T0102EM041_1
0.89:T0102EM041_1,T0102EM041_2
0.73:T0102EM054_1
0.85:T0102EM054_2
0.65:T0102EM060_1
0.50:T0102EM060_2
0.51:T0102EM060_3
0.80:T0102EM035_1,T0102EM073_1
0.87:T0102EM010_1,T0102EM038_1,T0102EM082_1
0.86:T0102EM082_2
0.85:T0102EM054_2,T0102EM3ajo
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
CC(peaks)
0.82:T0102EM010_1
0.77:T0102EM025_1
0.85:T0102EM028_1
0.66:T0102EM035_1
0.80:T0102EM038_1
0.81:T0102EM041_1
0.82:T0102EM010_1,T0102EM041_2
0.71:T0102EM054_1
0.78:T0102EM054_2
0.65:T0102EM060_1
0.52:T0102EM060_2
0.53:T0102EM060_3
0.79:T0102EM073_1
0.80:T0102EM038_1,T0102EM082_1
0.83:T0102EM082_2
0.82:T0102EM010_1,T0102EM041_2,T0102EM3ajo
8
7
6
5
4
3
2
1
0
Resol.(FSC=0.5)
2.36:T0102EM010_1
2.58:T0102EM025_1
2.34:T0102EM028_1
2.40:T0102EM035_1
2.35:T0102EM038_1
2.39:T0102EM041_1
2.38:T0102EM041_2
2.66:T0102EM054_1
2.42:T0102EM054_2
2.75:T0102EM060_1
3.83:T0102EM060_2
3.70:T0102EM060_3
2.43:T0102EM073_1
2.40:T0102EM035_1,T0102EM082_1
2.37:T0102EM082_2
2.42:T0102EM054_2,T0102EM3ajo
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
FSCavg
0.73:T0102EM010_1
0.63:T0102EM025_1
0.74:T0102EM028_1
0.71:T0102EM035_1
0.71:T0102EM035_1,T0102EM038_1
0.71:T0102EM035_1,T0102EM038_1,T0102EM041_1
0.71:T0102EM035_1,T0102EM038_1,T0102EM041_1,T0102EM041_2
0.57:T0102EM054_1
0.70:T0102EM054_2
0.52:T0102EM060_1
0.36:T0102EM060_2
0.38:T0102EM060_3
0.68:T0102EM073_1
0.70:T0102EM054_2,T0102EM082_1
0.72:T0102EM082_2
0.68:T0102EM073_1,T0102EM3ajo
0
1
2
3
4
5
6
7
8
EMringer
5.99:T0102EM010_1
4.95:T0102EM025_1
5.84:T0102EM028_1
4.70:T0102EM035_1
5.53:T0102EM038_1
3.47:T0102EM041_1
3.71:T0102EM041_2
4.56:T0102EM054_1
5.56:T0102EM054_2
2.86:T0102EM060_1
0.23:T0102EM060_2
0.23:T0102EM060_2,T0102EM060_3
6.39:T0102EM073_1
4.88:T0102EM082_1
5.88:T0102EM082_2
5.38:T0102EM3ajo
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
Q-score(noH)
0.76:T0102EM010_1
0.68:T0102EM025_1
0.75:T0102EM028_1
0.73:T0102EM035_1
0.72:T0102EM038_1
0.74:T0102EM041_1
0.74:T0102EM041_1,T0102EM041_2
0.61:T0102EM054_1
0.72:T0102EM038_1,T0102EM054_2
0.55:T0102EM060_1
0.41:T0102EM060_2
0.42:T0102EM060_3
0.70:T0102EM073_1
0.73:T0102EM035_1,T0102EM082_1
0.74:T0102EM041_1,T0102EM041_2,T0102EM082_2
0.70:T0102EM073_1,T0102EM3ajo
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1.0
AtomIncl.(BB)
0.99:T0102EM010_1
0.96:T0102EM025_1
0.97:T0102EM028_1
0.98:T0102EM035_1
0.99:T0102EM010_1,T0102EM038_1
0.98:T0102EM035_1,T0102EM041_1
0.98:T0102EM035_1,T0102EM041_1,T0102EM041_2
0.91:T0102EM054_1
0.97:T0102EM028_1,T0102EM054_2
0.93:T0102EM060_1
0.76:T0102EM060_2
0.78:T0102EM060_3
0.92:T0102EM073_1
0.98:T0102EM035_1,T0102EM041_1,T0102EM041_2,T0102EM082_1
0.99:T0102EM010_1,T0102EM038_1,T0102EM082_2
0.96:T0102EM025_1,T0102EM3ajo
vs Structure Scores (monomers)
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
GDT_TS
100.00:T0102EM010_1
99.27:T0102EM025_1
100.00:T0102EM010_1,T0102EM028_1
100.00:T0102EM010_1,T0102EM028_1,T0102EM035_1
100.00:T0102EM010_1,T0102EM028_1,T0102EM035_1,T0102EM038_1
99.27:T0102EM025_1,T0102EM041_1
99.42:T0102EM041_2
81.69:T0102EM054_1
97.82:T0102EM054_2
100.00:T0102EM010_1,T0102EM028_1,T0102EM035_1,T0102EM038_1,T0102EM060_1
92.30:T0102EM060_2
94.33:T0102EM060_3
99.86:T0102EM073_1
99.27:T0102EM025_1,T0102EM041_1,T0102EM082_1
99.27:T0102EM025_1,T0102EM041_1,T0102EM082_1,T0102EM082_2
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
GDC_ALL
93.05:T0102EM010_1
85.50:T0102EM025_1
93.97:T0102EM028_1
91.66:T0102EM035_1
92.99:T0102EM038_1
91.88:T0102EM041_1
92.20:T0102EM041_2
59.21:T0102EM054_1
90.33:T0102EM054_2
79.30:T0102EM060_1
68.55:T0102EM060_2
70.94:T0102EM060_3
91.45:T0102EM073_1
92.61:T0102EM082_1
93.44:T0102EM082_2
0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1.0
LDDT
0.94:T0102EM010_1
0.88:T0102EM025_1
0.96:T0102EM028_1
0.93:T0102EM035_1
0.92:T0102EM038_1
0.94:T0102EM010_1,T0102EM041_1
0.86:T0102EM041_2
0.65:T0102EM054_1
0.92:T0102EM038_1,T0102EM054_2
0.82:T0102EM060_1
0.74:T0102EM060_2
0.78:T0102EM060_3
0.93:T0102EM035_1,T0102EM073_1
0.94:T0102EM010_1,T0102EM041_1,T0102EM082_1
0.95:T0102EM082_2
7
6
5
4
3
2
1
0
RMSD(Ca)
0.31:T0102EM010_1
0.58:T0102EM025_1
0.31:T0102EM010_1,T0102EM028_1
0.34:T0102EM035_1
0.31:T0102EM010_1,T0102EM028_1,T0102EM038_1
0.36:T0102EM041_1
0.29:T0102EM041_2
2.15:T0102EM054_1
0.76:T0102EM054_2
0.42:T0102EM060_1
0.97:T0102EM060_2
0.99:T0102EM060_3
0.33:T0102EM073_1
0.34:T0102EM035_1,T0102EM082_1
0.32:T0102EM082_2
0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1.0
CAD
0.89:T0102EM010_1
0.85:T0102EM025_1
0.90:T0102EM028_1
0.88:T0102EM035_1
0.90:T0102EM028_1,T0102EM038_1
0.88:T0102EM035_1,T0102EM041_1
0.88:T0102EM035_1,T0102EM041_1,T0102EM041_2
0.66:T0102EM054_1
0.87:T0102EM054_2
0.73:T0102EM060_1
0.71:T0102EM060_2
0.71:T0102EM060_2,T0102EM060_3
0.88:T0102EM035_1,T0102EM041_1,T0102EM041_2,T0102EM073_1
0.88:T0102EM035_1,T0102EM041_1,T0102EM041_2,T0102EM073_1,T0102EM082_1
0.89:T0102EM010_1,T0102EM082_2
0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1.0
DAVIS_QA
0.97:T0102EM010_1
0.97:T0102EM010_1,T0102EM025_1
0.96:T0102EM028_1
0.97:T0102EM010_1,T0102EM025_1,T0102EM035_1
0.97:T0102EM010_1,T0102EM025_1,T0102EM035_1,T0102EM038_1
0.97:T0102EM010_1,T0102EM025_1,T0102EM035_1,T0102EM038_1,T0102EM041_1
0.97:T0102EM010_1,T0102EM025_1,T0102EM035_1,T0102EM038_1,T0102EM041_1,T0102EM041_2
0.81:T0102EM054_1
0.95:T0102EM054_2
0.97:T0102EM010_1,T0102EM025_1,T0102EM035_1,T0102EM038_1,T0102EM041_1,T0102EM041_2,T0102EM060_1
0.90:T0102EM060_2
0.91:T0102EM060_3
0.92:T0102EM073_1
0.97:T0102EM010_1,T0102EM025_1,T0102EM035_1,T0102EM038_1,T0102EM041_1,T0102EM041_2,T0102EM060_1,T0102EM082_1
0.97:T0102EM010_1,T0102EM025_1,T0102EM035_1,T0102EM038_1,T0102EM041_1,T0102EM041_2,T0102EM060_1,T0102EM082_1,T0102EM082_2
EMDataResource
Sponsored by the
US National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)
Please address any questions or queries to:
© 2015-2021